സാംസ്കാരികപരവും ചരിത്രപരവുമായ നിരവധി സവിശേഷതകൾ ഉള്ള ശ്രീപത്മനാഭസ്വാമി ക്ഷേത്രം അനന്തപുരിയുടെ മുഖമുദ്രകൂടിയാണ്. തലസ്ഥാന ജില്ലയുടെ ആത്മീയ സ്വത്ത് എന്നതിലുപരി കേരളത്തിന്റെ സാംസ്‌കാരിക പൈതൃകം വിളിച്ചോതുന്ന നിർമ്മിതി എന്ന നിലയിലും ക്ഷേത്രത്തിന് പ്രാധാന്യമുണ്ട് . ഏറ്റവും സമ്പന്നമായ ക്ഷേത്രമെന്ന നിലയിൽ ലോകപ്രശസ്തമായതിന് പിന്നാലെ നിരവധി ആളുകളാണ് ക്ഷേത്രം കാണാനായി എത്തുന്നത്. ശ്രീപത്മനാഭസ്വാമി ക്ഷേത്രത്തെ തിരുവനന്തപുരം നഗരവുമായി ബന്ധിപ്പിക്കുന്നത് തിരുവനന്തപുരം എന്ന പേര് തന്നെയാണ് . ‘തിരുവനന്തപുരം’ എന്നാൽ ശ്രീ പത്മനാഭസ്വാമി ക്ഷേത്രത്തിലെ പ്രതിഷ്ഠയെ സൂചിപ്പിക്കുന്ന അനന്തശായിയായ ഭഗവാന്റെ നഗരം എന്നാണ് അർത്ഥമാക്കുന്നത്. ശ്രീപത്മനാഭസ്വാമി ക്ഷേത്രത്തിലെ വിഗ്രഹം ‘അനന്തൻ’എന്ന സർപ്പത്തിൽ ശയിക്കുന്ന മഹാവിഷ്ണുവാണ്. ‘അനന്തന്റെപുരം’ (നഗരം) എന്ന വാക്കിനോട് ആദരവ് സൂചിപ്പിച്ചുകൊണ്ട് ‘തിരു’ ചേർത്തതോടെയാണ് തിരുവനന്തപുരം എന്നു നഗരത്തിന് പേരുവന്നത്. ശ്രീപത്മനാഭസ്വാമി ക്ഷേത്രനിർമ്മാണത്തിന്റെ കൃത്യമായ തീയതി അറിവായിട്ടില്ലെങ്കിലും, ക്ഷേത്രത്തിന്റെ ആദ്യകാല പരാമർശം ഒൻപതാം നൂറ്റാണ്ടിലേതാണ്. ഏകദേശം പതിനേഴാം നൂറ്റാണ്ടിന്റെ മധ്യത്തിൽ, അനിഴം തിരുനാൾ മാർത്താണ്ഡവർമ്മ മഹാരാജാവ് ക്ഷേത്രത്തിൽ വലിയ പുനരുദ്ധാരണങ്ങൾക്ക് ഉത്തരവിട്ടു.1745-ൽ മാർത്താണ്ഡവർമ്മ മഹാരാജാവ് തിരുവിതാംകൂറിന്റെ തലസ്ഥാനം തെക്ക് പത്മനാഭപുരത്ത് നിന്ന് തിരുവനന്തപുരത്തേക്ക് മാറ്റിയപ്പോൾ നിർമ്മിച്ചതാണ് ഇന്നത്തെ രീതിയിലുള്ള ഈ ക്ഷേത്രം. 1750 ജനുവരി 3-ന് മാർത്താണ്ഡവർമ്മ മഹാരാജാവ് തിരുവിതാംകൂർ രാജ്യം ശ്രീപത്മനാഭന് സമർപ്പിച്ചു. ശ്രീപത്മനാഭന്റെ ദാസന്മാരായി രാജകുടുംബം നാട് ഭരിക്കുമെന്നും അദ്ദേഹവും പിൻഗാമികളും പത്മനാഭദാസരായി രാജ്യത്തെ സേവിക്കുമെന്നും മാർത്താണ്ഡവർമ്മ പ്രതിജ്ഞയെടുത്തു. തിരുവിതാംകൂർ രാജ്യം ശ്രീപത്മാഭസ്വാമിക്ക് ദാനം ചെയ്ത ഈ ചടങ്ങ് ‘തൃപ്പടിദാനം’ എന്നറിയപ്പെട്ടു. ശ്രീപത്മനാഭന് രാജ്യം നൽകിയതോടെ തിരുവിതാംകൂർ സംസ്ഥാനം മുഴുവൻ ശ്രീപത്മനാഭസ്വാമിയുടെ സ്വത്തായി മാറി. ക്ഷേത്രത്തിലെ പ്രധാന ശ്രീകോവിലിനുള്ളിലെ 18 അടി നീളമുള്ള ശ്രീപത്മനാഭ സ്വാമിയുടെ വിഗ്രഹം കടു ശർക്കരക്കൂട്ടിൽ (പ്രകൃതിദത്തമായി ലഭ്യമായ 108-ലധികം വസ്തുക്കളുടെ അപൂർവ സംയോജനം) , 12,008 സാളഗ്രാമുകൾ കൊണ്ടാണ് നിർമ്മിച്ചിരിക്കുന്നത്. ശ്രീകോവിലിൽ മൂന്ന് വാതിലുകളാണുള്ളത്. അതിൽ 18 അടി നീളമുള്ള ശ്രീപത്മനാഭസ്വാമിയുടെ വിഗ്രഹം കാണാൻ കഴിയും. ഒന്നാമത്തെ വാതിലിലൂടെ ഭഗവാന്റെ മുഖവും, രണ്ടാമത്തെ വാതിലിലൂടെ ഭഗവാന്റെ ഉദരവും, പൊക്കിൾകുഴിയിൽ നിന്ന് ഉയരുന്ന താമരയിൽ ഇരിക്കുന്ന ബ്രഹ്മാവിനെയും, ഭൂദേവിയും ശ്രീദേവിയുമായുള്ള ഭഗവാന്റെ പൂജാവിഗ്രഹവും, ശീവേലി വിഗ്രഹവും കാണാം. മൂന്നാമത്തെ വാതിലിൽ ലോകരക്ഷകനായ ഭഗവാന്റെ തൃപ്പാദ ദർശനം കൂടി നേടുന്നതോടെ ജന്മം സഫലമാകുമെന്നാണ് ഭക്തരുടെ വിശ്വാസം. ഒറ്റക്കല്ലിലാണ് ശ്രീകോവിലിന്റെ നിർമ്മാണം. അതുകൊണ്ട് തന്നെ ശ്രീകോവിലും സോപാനവും തമ്മിൽ വ്യത്യാസമില്ല, രണ്ടും ഒരിടത്താണ്. ദർശനത്തിനായി ഭക്തർ നിൽക്കുന്നത് തത്വത്തിൽ ശ്രീകോവിലിൽ തന്നെ എന്നർത്ഥം. മറ്റൊരു ക്ഷേത്രത്തിലും ഒരു ശ്രീകോവിലിൽ മൂന്ന് തരത്തിലുള്ള പ്രതിഷ്‌ഠ ഇല്ല എന്നതും ശ്രദ്ധേയമാണ്. കിടക്കുന്ന രൂപത്തിൽ പ്രധാന വിഗ്രഹം, നിൽക്കുന്ന രൂപത്തിൽ അഭിഷേക വിഗ്രഹം, ഇരിക്കുന്ന രൂപത്തിൽ ശീവേലി വിഗ്രഹം എന്ന അപൂർവത ശ്രീപത്മനാഭസ്വാമി ക്ഷേത്രത്തിന് മാത്രം അവകാശപ്പെട്ടതാണ് .
ക്ഷേത്രനിർമ്മാണത്തിന്റെ വാസ്തുവിദ്യാ മഹത്വവും പ്രാധാന്യമർഹിക്കുന്ന ഒന്നാണ് ഇത്തരത്തിൽ ചെറുതും വലുതുമായ നിരവധി കാരണങ്ങൾ ശ്രീപത്മനാഭസ്വാമിക്ഷേത്രത്തെ മറ്റ് ക്ഷേത്രങ്ങളിൽ നിന്നും വ്യത്യസ്തമാക്കുന്നു.